Certo che è possibile, l'importante è tener presente degli accorgimenti relativi all'emissione delle fatture elettroniche alla P.A., nello specifico bisognerà inserire lo "Split Payment" quando non si riceve il pagamento dell'IVA (ad ogni modo è sempre consigliato accertarsi con l'ente destinatario dell'effettiva necessità di applicare questo meccanismo).
https://www.winfatt.com/manuale/v7/index.htm#page=Creazione_fattura_elettronica.htm